在使用完生物安全柜后，生物安全柜内的所有物品和设备都应在工作完成之后进行表面去污处理，并且需要从柜内取出，因为剩余的培养基可能会使微生物生长繁殖。
使用前和使用后都要擦拭工作台表面及内壁面；每次使用工作结束时，应对生物安全柜的工作台面、四周以及玻璃的内侧灯部位等进行表面的擦拭（不包括送风滤器的扩散板）。擦拭顺序按照生物安全柜内的分区，从清洁区到工作区再到污染区的方向进行。消毒剂可选择75%乙醇或含氯消毒剂，如使用含氯消毒剂等腐蚀性消毒剂作用后，必须用无菌水再次进行擦拭。
最后建议生物安全柜在进行清洁、消毒时处于工作状态。如果未处于工作状态，则应在关机前运行5分钟，从而净化内部的空气。
